Khydyn's Plant Pathology Blog

계통발생층서법으로 동물 계통의 주요 적응에 대한 유전체적 역사를 밝힘 초록 대진화적 경향 연구 방법: 화석 분석, 비교 형태학, 진화 발생(evo-devo) 방법 등이 있다. 다양한 계통의 유전체가 사용 가능해짐에 따라 계통발생층서법이라는 새로운 접근 방법이 사용가능 해졌다. 초파리의 ..

이 글은 2000년에 White et al.에 의해 쓰여진 리뷰 논문을 번역한 것 입니다. 무려 17년 전 당시에는 비병원성 유전자에 대하여 어떻게 생각 했나 볼 수 있습니다. 비병원성 유전자의 기능 이해에 대한 전망 (Prospects for understanding avirulence gene function) 병원균의 비병원성 유전자는 기주식물의 저..

오늘의 논문은 2016년 2월에 Science에 게재된 "Using decoys to expand the recognition specificity of a plant disease resistance protein" 으로 한국인 Sang Hee Kim이 당당하게 1저자로 올라와있다. 논문을 시작하기 앞서 background를 잠깐 설명하자면, 식물의 경우, 동물과 달리 특수한 면역 세포가 없기 때문에, 세포 ..

유전체 계통발생층서법 (Genomic phylostratigraphy) 유전체학 공부를 하다보니 Genomic phylostratigraphy 분석이란 것을 접하게 되었습니다. 일단 이게 무엇인지 궁금하여 하나씩 어원을 따져보기로 하였습니다. Genomic 유전체적 Phylo- 계통발생학, Strati- layer 층, -graphy 기술방법, Stratigraphy: 층서학 - 지..

유전자 대 유전자 가설 (Gene-for-gene hypothesis) 유전자 대 유전자 가설 (Gene-for-gene hypothesis) 또는 유전자 대 유전자 관계 (Gene-for-gene relationship)은 아마(Linum usitatissimum)의 녹병균(Melampsora lini)을 연구하던 학자 Harold Henry Flor에 의해 처음 제시되었습니다. 그는 기주 식물의 저항성과 병원균의 병..

Whole genome alignment tools / programs/ softwares 곰팡이 유전체 40개를 비교하기 위해 whole genome alignment가 필요했다. 나는 주로 MUMMER를 쓰는데, 이 프로그램은 dot plot으로 오직 유전체 2개만 비교해 준다. 사실 Genomics에서는 실험과는 다르게 사진으로 실험결과를 얻을 수 있는게 아니기 때문에 Visualiz..