SEARCHING BEST HITS FROM BLAST TABLE FORMAT

 

 

SEARCHING BEST HITS FROM BLAST TABLE FORMAT

 

sort -k1,1 -k12,12nr -k11,11n  blastout.txt | sort -u -k1,1 --merge

 

sort 1

첫번째로 query name으로 Blast Ouput을 sorting 한 다음, 12번째 column(bit score)을 내림차순으로 정렬하고, 마지막으로 11번째 column(E value)을  오름차순으로 정렬한다.

 

sort 2

각 줄의 첫번째 query만을 선택한다. Output이 원하는 순서대로 정렬되어 있으면 첫번째 sort를 생략 할 수 있다.