Khydyn's Plant Pathology Blog

유전적 다양성의 비교를 통해 자연선택에 대한 정보를 얻을 수 있을까요? 예를 들어 중립적 마커(neutral maker)에 낮은 핵산 다양성과 하플로타입 다양성을 갖는 집단들은 대게 강한 선택압 아래 있습니다. 약한 선택압 아래에선, 이들의 유전적 다양성은 높을 것 입니다. 유전적 다양성은 ..

http://chartartistry.blogspot.kr/2016/02/building-bubble-grid-charts-in-in-excel.html

https://www.researchgate.net/post/How_to_remove_particular_species_from_nr_db_of_NCBI

http://domaindraw.imb.uq.edu.au/

계통발생층서법으로 동물 계통의 주요 적응에 대한 유전체적 역사를 밝힘 초록 대진화적 경향 연구 방법: 화석 분석, 비교 형태학, 진화 발생(evo-devo) 방법 등이 있다. 다양한 계통의 유전체가 사용 가능해짐에 따라 계통발생층서법이라는 새로운 접근 방법이 사용가능 해졌다. 초파리의 ..

유전체 계통발생층서법 (Genomic phylostratigraphy) 유전체학 공부를 하다보니 Genomic phylostratigraphy 분석이란 것을 접하게 되었습니다. 일단 이게 무엇인지 궁금하여 하나씩 어원을 따져보기로 하였습니다. Genomic 유전체적 Phylo- 계통발생학, Strati- layer 층, -graphy 기술방법, Stratigraphy: 층서학 - 지..

Whole genome alignment tools / programs/ softwares 곰팡이 유전체 40개를 비교하기 위해 whole genome alignment가 필요했다. 나는 주로 MUMMER를 쓰는데, 이 프로그램은 dot plot으로 오직 유전체 2개만 비교해 준다. 사실 Genomics에서는 실험과는 다르게 사진으로 실험결과를 얻을 수 있는게 아니기 때문에 Visualiz..

2016년 12월 27일 오후 08:41 RAxML protein input 명령어. bootstrapping 1000번 raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 -T 8 -f a -m PROTGAMMADAYHOFF -p 12345 -x 12345 -# 1000 -s FcC_automated.fas -n FcC_automated.result http://sco.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/hands_on.html

계통수(Phylogenetic tree) 제작에 대한 고찰 사람들이 계통수 제작(Phylogenetic tree construction)을 너무 쉽게 생각하는 경향이 있어서, 계통수 제작에 대한 고찰을 해보고자 합니다. 옛날에는 생물들의 근연관계를 형태적(Mormological)으로 구분하여 분류군(clade)으로 묶었습니다. 하지만 현재 유전학..

N50과 L50 전산생물학에서 N50과 L50은 유전체의 어셈블된 단위인 contig 또는 scaffold의 길이를 나타내는 통계값 입니다. N50은 길이의 평균 또는 중앙값과 비슷하지만, 더 긴 contig에 더 많은 가중치를 둡니다. 이것은 유전체 어셈블리에 많이 쓰이고, 특히 드래프트 어셈블리의 contig 길이들을 ..