Whole genome alignment tools / programs/ softwares

Whole genome alignment tools / programs/ softwares

곰팡이 유전체 40개를 비교하기 위해 whole genome alignment가 필요했다.

나는 주로 MUMMER를 쓰는데, 이 프로그램은 dot plot으로 오직 유전체 2개만 비교해 준다.

사실 Genomics에서는 실험과는 다르게 사진으로 실험결과를 얻을 수 있는게 아니기 때문에

Visualization이 중요하다.

그래서, 유전체 40개의 synteny를 한번에 보여줄 수 있게끔 하는 프로그램을 찾아보았다.

(프로그램의 이름을 누르면 해당 사이트로 이동)

- MAUVE: 가장 popular하게 사용되는 프로그램 중 하나로 java 기반에 Locally Collinear Blocks (LCB)를 찾아 whole genome alignment를 해준다. 세균을 타겟으로 만든 프로그램이라 진핵생물의  Multiple alignment경우 LCB를 찾아주기는 하지만 contig reodering은 안해줘서 그림이 너무 복잡해진다. Contig의 re-ordering은 한번에 유전체 2개 밖에 안된다.

- BRIG: Circular 형태로 whole genome alignment를 해주는 java 기반 프로그램. Circos 비슷한데 세균에 초점이 맞춰져 있어 곰팡이를 돌려보니 에러가 났다. 서열이 20Mb 이하여야 한다. (참고로 곰팡이 유전체의 평균 크기는 약 40 Mb)

- Mugsy: Multi-fasta file을 alignment 해주는 java 기반 프로그램. 진핵생물도 되지만, 서열 비교를 contig로 해주기 때문에 visulization이 좋지 않음.

- SyMap: 진핵생물의 genome alignment를 해주는 java 기반 프로그램. 옛날에 만들어 졌고 update를 하고는 있지만 그림이 이쁘지는 않음.

- AliTV: whole genome alignment를 계통학적 순서로 일렬로 보여주는 프로그램. 그림이 가장 이쁘다. Lastz를 사용하여 alignment를 하는데, multiple-core를 쓰지 않는게 단점...

위 말고도 whole genome alignment를 해주는 lastz, ACT와 같은 툴들이 있지만, visulization위주로 짧은 감상문을 작성해 보았다. 제발 곰팡이 유전체를 한번해 비교해 보고 싶다.