all-vs-all Blast 수행 방법

Blast를 하기 위해서는 query와 database가 있어야 합니다.

그러므로 어떤 유전체에 대한 all-vs-all blast를 하려면 일단 그 유전체를 사용해 database를 만들고 다시 그 유전체를 query로 사용하여 blast를 수행하면 됩니다.

Database를 만드는 방법:

>makeblastdb -in input_database(query)_file.fasta -dbtype prot -out my_db_file

그다음 똑같은 유전체를 query로 blast를 수행하면 됩니다.

>blastp -db my_db_file -query input_database(query)_file.fasta -outfmt 6 -out all-vs-all.tsv       -num_threads 4

그럼 완료

출처 

http://www.biostars.org/p/6541/