Khydyn's Plant Pathology Blog

BLAST에서 BLAST+로 명령어 바꾸기 BLAST BLAST+ Specialty megablast blastn -task megablast 매우 비슷한 nucleotide sequence에 적용 bl2seq -i -j blast -query -subject 하나의 sequence를 다른 것에 align blastpgp psiblast | deltablast Position Specific Initiated BLAST rpsblast -p F rpstblastn Translated Reverse Position Specific BLAST BLAST/BLAST+ 인자 옵..

Blast를 하기 위해서는 query와 database가 있어야 합니다. 그러므로 어떤 유전체에 대한 all-vs-all blast를 하려면 일단 그 유전체를 사용해 database를 만들고 다시 그 유전체를 query로 사용하여 blast를 수행하면 됩니다. Database를 만드는 방법: >makeblastdb -in input_database(query)_file.fasta -dbtype prot -out my..