Khydyn's Plant Pathology Blog

Multiple Sequence Alignment 중 Progressive Alignment 기법 Multiple Sequence Aligment (MSA) 기법 중 가장 많이 사용되는 것이 progrssive alignment method (hierarchical or tree method)로 heuristic search를 기반으로 한다. 이 방법은 모든 서열들을 pairwise로 비교하여 가장 비숫한 pair 부터 가장 멀리 관계된 pair까지 순차적으로..

Position-Specific Socring Matrix (PSSM) 설명 Position-Specific Socring Matrix (PSSM)은 생물학적 서열 안에 motifs (pattern)을 나타내는데 주로 쓰인다. PSSM은 기능적으로 연관되어 있다고 추측되는 서열들의 정렬된 세트에서 파생되고 motif를 찾는 소프트웨어에 중요하게 사용되고 있다. 배경 PSSM은 consensus seque..

E-value 종종 Biologist로부터, e-value가 의미하는 바가 무엇이냐는 질문을 받는다. 복잡한 통계적 수식말고, 간단히 설명하면, 검색 Database가 모두 random sequence라고 가정했을대, query 서열이 match되리라 기대되는 Database내의 서열의 갯수를 의미한다. 만약 BLAST의 E-value가 1e-12이면 0에 가까운 수이..

소개 생물정보학에서 BLOSUM matrix는 단백질의 sequence alignment에 사용되는 substitution matrix이다. BLOSUM matrix는 진화적으로 분화된 단백질 서열들의 alignment에 점수를 내는데 사용된다. 이것은 Local Alignment를 바탕으로 한다. BLOSUM matrix는 Henikoff 부부에 의해서 제일 처음 소개되었다. 이들은 protein ..

소개 Point Accepted Mutation (PAM) - 단백질 서열에서 하나의 아미노산이 다른 아미노산으로 치환되는 것으로 natural selection 과정에 의해 허용된다. 이 정의는 생물의 DNA에서 일어나는 모든 point mutation에 해당되지는 않는다. 특히 Silent mutation 및 lethal 하거나 natural selection에 허용되지 않는 경우는..

BEAST 용어해설 (NOTE: 번역이 깔끔하지 못함) 베이지언 (Bayesian)베이지언 추론은 통계적 추론의 한 방법으로, 추론해야 하는 대상의 사전 확률과 추가적인 관측을 통해 해당 대상의 사후 확률을 추론하는 방법이다. 베이지언 추론은 베이지언 확률론을 기반으로 하며, 이는 추론하는 대상을 ..

The Newick Tree Format 이 글은 http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html 에서 발췌 번역한 것 입니다. 소 개 컴퓨터가 읽을 수 있는 trees를 대표하는 형식인 Newick Standard는 1857년 영국의 유명한 수학자 Arthur Cayley가 고안하였고, trees에 나오는 인자들과 중접된 괄호를 사용합니다. 만약에 ..

출판물과 유전자 및 단백질 데이터를 서로 엮기 원제: Linking publication, gene and protein data 저자: Paul Kersey & Rolf Apweiler 노트: 생물정보 및 관련 데이터베이스에 대한 기본 개념을 알려주고 있습니다. 이 글은 2006년 Nature Cell Biology 8, 1183-1189에 실린 논문을 번역 및 요약한 것 입니다. ★ 이 논문..

BLAST에서 BLAST+로 명령어 바꾸기 BLAST BLAST+ Specialty megablast blastn -task megablast 매우 비슷한 nucleotide sequence에 적용 bl2seq -i -j blast -query -subject 하나의 sequence를 다른 것에 align blastpgp psiblast | deltablast Position Specific Initiated BLAST rpsblast -p F rpstblastn Translated Reverse Position Specific BLAST BLAST/BLAST+ 인자 옵..

원제: Top N Reasons To Do A Ph.D. or Post-Doc in Bioinformatics/Computational Biology == 박사 학위 또는 포닥을 Bioinformatics/Computational Biology로 해야하는 탑 N 가지 이유 == 0. 컴퓨팅은 21세기 생물학의 가장 중요한 기술입니다. 시간이 점차 흐를 수록, 생물학은 점점 더 양적인 과학이 되어가고 있습니다. 지난..