Samtools: 원하는 부분의 파스타 파일 자르기 https://www.biostars.org/p/10469/ 예제: samtools faidx reference.fasta samtools faidx reference.fasta lyrata:1-108 생물정보학/Useful PAGEs 2016.03.21
blast tabular format 추가 + Query coverage -outfmt "6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qlen slen" 1. qseqid Query Seq-id 2. sseqid Subject Seq-id 3. pident Percentage of identical matches 4. length Alignment length 5. mismatch Number of mismatches 6. gapopen Number of gap openings 7. qstart Start of alignment in query 8. qend End of alignment in query 9. sstart Start .. 생물정보학/Bioinformatics 2016.03.12
Python 정규표현식으로 치환하기 Python 정규표현식으로 치환하기 정규표현식을 사용하기 위한 re module 수입 ㅋ import re #re.sub("치환할 정규표현식", "새로 치환될 문자", "치환할 정규표현식이 포함된 문자열") re.sub('\s+', '_', "This should be connected") # This_should_be_connected "This should be connected" 이 문자열의 공백이 "_"으로 치환되어 .. 생물정보학/Python Study 2016.03.10
윈도우/리눅스에서 파일 확장자 명 일괄 수정하기 윈도우 만약 한 폴더 안에 있는 파일의 확장자 명이 JPG인 파일들을 전부 jpg로 변경할 경우 터미널을 열어 해당 폴더로 이동한 다음 다음과 같이 입력한다. > rename *.JPG *.jpg 리눅스 만약 한 폴더 안에 있는 파일의 확장자 명이 JPG인 파일들을 전부 jpg로 변경할 경우 터미널을 열어 해당 폴.. 생물정보학/Linux 2016.02.23
Bedtools: Intergenic region 찾기 전체 chromosome bed 파일에서 gene bed파일을 뺀다. https://www.biostars.org/p/13245/ > bedtools subtract -a genes.bed -b introns.bed http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/example-usage.html 생물정보학/Useful PAGEs 2016.02.22
CentOS: OS설치 후 설정 http://firedev.tistory.com/entry/CentOS-CentOS-%EC%84%A4%EC%B9%98-%ED%9B%84-%EC%84%A4%EC%A0%95 생물정보학/Useful PAGEs 2016.02.22
R: 축(axis)을 log scale로 만들 때 http://stackoverflow.com/questions/5821763/logarithmic-y-axis-tick-marks-in-r-plot-or-ggplot2 생물정보학/Useful PAGEs 2016.01.14
Bedtools: 같은 아이디로 모든 feature를 합칠 때 https://www.biostars.org/p/145751/ sort -k4,4 result.bed | groupBy -g 1,4 -c 4,2,3 -o count,min,max | awk -v OFS='\t' '{print $1, $4, $5, $2, $3}' > result.bed 생물정보학/Useful PAGEs 2016.01.12