Khydyn's Plant Pathology Blog

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Scale of numbers, deci, deca, centi, hecto etc.. Numbers In the Metric system unwieldy small and large numbers can be represented using words. ie rather than saying 1000 metres or 1000 grammes you can say 1kilometre (kilo can be abbreviated to k and metre to m giving 1km) or 1kilogram (gram can be abbreviated to g giving 1kg). Scales of numbers Large Numbers Number...............

가끔 파일을 한꺼번에 많이 생성할 때 또는 대용량 파일이 필요할 때 쓰는 명령어 윈도우: fsutil 리눅싀: dd -사용방법 fsutil file createnew [filename] [filesize] ex) fsutil createne test.txt 102400 -> test란 이름으로 1MB 파일이 생성된다. dd if=/dev/zero of=[경로 및 파일명] bs=[filesize] count=[반복횟수] ex) dd ..

SEARCHING BEST HITS FROM BLAST TABLE FORMAT sort -k1,1 -k12,12nr -k11,11n blastout.txt | sort -u -k1,1 --merge sort 1 첫번째로 query name으로 Blast Ouput을 sorting 한 다음, 12번째 column(bit score)을 내림차순으로 정렬하고, 마지막으로 11번째 column(E value)을 오름차순으로 정렬한다. sort 2 각 줄의 첫번째 query만을 선택한다. Ou..

Lasso Regression 통상적으로 회귀분석(regression analysis)에서 회귀계수(regression coefficient)의 추정량을 구하기 위해서는 잔차(residual)의 제곱합을 최소로 하는 최소제곱법(leaset squared method)을 사용한다. 그러나 설명변수(explanatory variables)의 개수가 증가하면 설명변수들 사이의 강한 상관관계로 인..

Mcl clustering 하는 방법 1. BLASTDB를 만든다 $ makeblastdb -in [input_file] -dbtype [nucl, prot] -title [db_name] 2. All-by-All BLAST를 수행한다. $ blastp -db [db_name] -query [query_file] -out [outfile_name] -evalue [e.g. 0.001] -outfmt [6 - tabular] -num_threads [Cpu 개수] 3. BLAST 결과에 기록된 Clustering similarity graphs - BLAST output을 ABC 포맷..

안녕하세요, 2015년 새해를 맞아 세계의 수도라는 뉴욕, 뉴욕의 심장 맨하탄 타임스퀘어에서 새해 맞이를 하였습니다. 저는 지금 펜실베니아의 Penn State Uni가 있는 State College라는 동네에 단기 연수를 와서 살고 있어요. 그러던 2014년 29일 Psy가 Gangnam Style을 공연했던 뉴욕 새해 맞이 행사에 ..

출처 : http://blog.nice2seeyou.com/mike/235 호스팅 서버를 옮겨야 할 때가 오면 기존 서버에 있는 파일들을 모두 새 서버로 옮겨야 하는데 이게 참 큰 일이죠. 사이트 전체를 tar, gzip 으로 압축해서 여러개의 분할된 압축파일로 만든다음 이파일들을 내 컴퓨터로 다운로드 받은다음, 신규 서버에 ..

LTR retrotransposons의 다양성 (이 글은 http://genomebiology.com/2004/5/6/225에 실린 리뷰 논문의 요약/번역 입니다.) 기본 배경 • Transposon - 움직이는 유전(자)요소, 다양한 메커니즘을 사용하여 유전체 안에서 복제됨 • Retrotransposon - RNA를 역전사하여 복제, cDNA가 생성이 되고 다른 유전자좌위..