Khydyn's Plant Pathology Blog

SAM format (Sequence Alignment/MAP format) - Alignments SAM은 sequence alignment data를 담고 있는 tab으로 나누어진 텍스트 파일(.txt)로 alignment/mapping 정보를 보고하는 산업 기준 입니다. SAM은 자매 형태인 압축되고, 색인화 되고, binary 형태인 BAM format의 사람이 읽기 가능한 버전입니다. Samtools는 SAM 파일들을 ..

NCBI의 nr db에서 특정 종 제거하기 blastn 과 blastp에는 모두 -negative_gilist 옵션이 있습니다. 이 옵션을 사용하여 로컬로 다운받은 nr에서 특정 GI 세트를 빼고 blast를 할 수 있습니다. 원하는 종의 모든 서열에 대한 GI 파일을 만들고 싶다면, nucleotide나 protein search space (nucleotide: http://www.ncbi.nlm.nih..

곰팡이 및 유사곰팡이에 의한 부후 변색 (decay and discoloration) 상처 병해 (부후 - decay in living tree) * 목재 썩음: 일차적으로 곰팡이의 효소 활동에 의한 목재의 저하 * 다른 종류의 저하는 거의 없음 * 상처 - 나무와 미생물의 상호작용을 일으킴 - 부후 변색 * 상처의 종류, 정도, 나무 반응 - 부..

곰팡이 및 유사곰팡이 수목녹병(Rust) 녹병(Rust diseases) * 담자균문의 녹병균목(Uredinales)에 속한 곰팡이에 의해서 발생 (150속, ~6,000종) * 담자기 격막있음 (Basidium septate) * 담자기과 없음 (Basidiocarp absent) * 동포자(teliospore)의 발아로 담자기 형성 (동포자는 두꺼웁 벽의 포자로 핵융합이 일어남)..

곰팡이 및 유사곰팡이 수목시들음병 (vascular wilt) 정의 * 시들음은 병징으로 잎과 연약한 싹이 팽압을 잃어버려 시들고 축 처지는 것이다 * 특징 - 수액의 흐름이 파열되어 수분 스트레스를 생성, 잎이 시들고 죽음 - 줄기 마름병과 뿌리썩음병은 포함 안됨 - 주로 활엽수에서 일어남 - 물관..

곰팡이 및 유사곰팡이 수목뿌리병 뿌리병의 특성 * 수목의 전체적인 수세: 뿌리의 건강에 달림 * 기능성 뿌리는 표토에 분포 - 외부환경에 영향을 받음 * 병의 원인 다양 - 주요 원인: 곰팡이(임의기생체) * 곰팡이병 병징 및 표징 - 유묘 - 모잘록병, 유묘고사 - 지상부 - 시들음, 가지 마름, ..

곰팡이 및 유사곰팡이 수목줄기병 궤양병(Cankers) 곰팡이에 의한 줄기 병해 * 대표적인 줄기병 - 궤양병 - 국부적인 조직 괴사 * 수피와 피층(cortex) - 줄기, 가지, 잔가지 * 탄저병 및 녹병에 의한 궤양 제외 * 수피(bark) = 관다발형성층(vascular cambium) 밖에 있는 모든 조직 * 내피(inner bark) = 이차..

곰팡이 및 유사곰팡이 수목잎병 잎에 발생하는 병해 * 잎의 상태 - 수목 건강의 지표 - 다른 부위의 병(뿌리, 유관속, 줄기, 무생물 스트레스) - 잎 병징 (잎에 병징이 없으면 다른 부위의 병도 알기 어려움) * 단기적이고 치명적이지는 않지만 수목생장 위축 - 광합성 부족, 조기 낙엽, 영양..

곰팡이 및 유사곰팡이 소개 곰팡이(진균)와 유사곰팡이(난균)는 유기 영양 진핵생물 입니다.이 생물들은 하나의 세포로 된 엽상체 또는 사상성 엽상체로 영양기를 보내고,주로 포자를 통해 번식을 합니다. 대부분의 식물병은 곰팡이와 유사곰팡이에 의해 발생합니다 (전체의 >60%). 이들..

CVtree for constructing phylogenetic tree * CVTree2 web version - 하나의 protein file 또는 contig file의 크기가 20MB, 전체 파일의 크기는 100MB로 * CVTree stand-alone 사용 - protein sequence들을 사용해서 수행하였다. - K-tuple: 7 - Pezizomycotina에 속하는 4종의 lichen들이 잘 묶여있는 것을 볼 수 있다. CVTree stand-alone 사용법 ..