Khydyn's Plant Pathology Blog

CViT: Chromosome Visualization Tool 염색체 비쥬얼라이제이션 도구 CViT CViT는 perl 기반 도구로 유전체 전체를 한번에 이미지화 할 수 있다. 이것은 GFF3 형태의 데이터를 기반으로 염색체를 만들고 그 위에 특징들을 보여 줄 수 있다. 콩(대두) 염색체의 중복된 지역을 보여준다. 동원체(centromere)와 ..

C:\java>dir /? 디렉터리에 있는 파일과 하위 디렉터리 목록을 보여줍니다. DIR [드라이브:][경로][파일 이름] [/A[[:]특성]] [/B] [/C] [/D] [/L] [/N] [/O[[:]정렬 순서]] [/P] [/Q] [/S] [/T[[:]시간 필드]] [/W] [/X] [/4] [드라이브:][경로][파일 이름] 나타낼 드라이브, 디렉터리 및/또는 파일을 지정합니다. /A 지..

PS C:\Users\KKT> find /? 파일에서 텍스트 문자열을 찾습니다. FIND [/V] [/C] [/N] [/I] [/OFF[LINE]] "문자열" [[드라이브:][경로]파일이름[ ...]] /V 지정한 문자열이 없는 줄을 표시합니다. /C 지정한 문자열이 있는 줄 수만을 표시합니다. /N 지정한 문자열이 있는 각 줄 앞에 줄 번호를 붙입니다. /I 대/소..

http://cfgp.riceblast.snu.ac.kr/main.php

http://fsd.riceblast.snu.ac.kr/

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/download.php

Correspondence Analysis (대응 분석) (Correspondence Analysis) 대응분석이란 다변량 범주형 자료를 대상으로 하는 탐색적 자료분석 중 하나이다. 기본 원리는 변수간의 카이제곱 거리를 구한 후, 이를 이용해 (x,y)값을 구한 후 이에 대한 거리를 이용하여 변수간의 연관성을 재는 것이다. 예제 - Hodgkin'..

http://stackoverflow.com/questions/20105364/how-can-i-make-a-scatter-plot-colored-by-density-in-matplotlib import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from scipy.stats import gaussian_kde # Generate fake data x = np.random.normal(size=1000) y = x * 3 + np.random.normal(size=1000) # Calculate the point density xy = np.vstack([x,y]) z = gaussian_kde(xy)(xy) # Sort the poi..

Cufflinks는 gtf output을 gff로 변환해주는 tool 인 gffread가 있습니다. gffread -E merged.gtf -o- > merged.gff3 이것은 에러(-E)와 standard out(-o-)을 해 줍니다. 출처: https://www.biostars.org/p/50445/ 그 외 유용한 perl 파일 올림 gtf2gff3.pl 연결된 링크 http://blog.daum.net/naturelove87/127