Khydyn's Plant Pathology Blog

Whole genome alignment tools / programs/ softwares 곰팡이 유전체 40개를 비교하기 위해 whole genome alignment가 필요했다. 나는 주로 MUMMER를 쓰는데, 이 프로그램은 dot plot으로 오직 유전체 2개만 비교해 준다. 사실 Genomics에서는 실험과는 다르게 사진으로 실험결과를 얻을 수 있는게 아니기 때문에 Visualiz..

2017년 3월 23일 오후2:00 여의도 국회의사당 바로 옆 건물인 국회의원회관 대회의실에서 제1회 식물병해충 방제포럼이 있어서 다녀왔습니다! 올해 처음으로 열리는 식물병해충 방제포럼은 국회의원 이완영과 위성곤 의원이 함께 주최하였고, 공무원 기관인 농촌진흥청, 산림청, 농림축산..

2017년 3월 23일 오후2:00 여의도 국회의사당 바로 옆 건물인 국회의원회관 대회의실에서 제1회 식물병해충 방제포럼이 있어서 다녀왔습니다! 올해 처음으로 열리는 식물병해충 방제포럼은 국회의원 이완영과 위성곤 의원이 함께 주최하였고, 공무원 기관인 농촌진흥청, 산림청, 농림축산..

2016년 12월 27일 오후 08:41 RAxML protein input 명령어. bootstrapping 1000번 raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 -T 8 -f a -m PROTGAMMADAYHOFF -p 12345 -x 12345 -# 1000 -s FcC_automated.fas -n FcC_automated.result http://sco.h-its.org/exelixis/resource/download/NewManual.pdf http://sco.h-its.org/exelixis/web/software/raxml/hands_on.html

계통수(Phylogenetic tree) 제작에 대한 고찰 사람들이 계통수 제작(Phylogenetic tree construction)을 너무 쉽게 생각하는 경향이 있어서, 계통수 제작에 대한 고찰을 해보고자 합니다. 옛날에는 생물들의 근연관계를 형태적(Mormological)으로 구분하여 분류군(clade)으로 묶었습니다. 하지만 현재 유전학..

N50과 L50 전산생물학에서 N50과 L50은 유전체의 어셈블된 단위인 contig 또는 scaffold의 길이를 나타내는 통계값 입니다. N50은 길이의 평균 또는 중앙값과 비슷하지만, 더 긴 contig에 더 많은 가중치를 둡니다. 이것은 유전체 어셈블리에 많이 쓰이고, 특히 드래프트 어셈블리의 contig 길이들을 ..

[RSS] Feed43 - 원하는 사이트의 RSS를 만들어 주는 사이트 http://feed43.com/

필리핀에 제7회 국제도열병학회가 있어서 다녀왔습니다. 국제도열병학회는 3년에 한번씩 열리는 행사로서, 벼에 병을 일으키는 도열병균을 대상으로 전세계 학자들이 모여 토론을 하는 국제 토론의 장 입니다. 지난 2013년에는 대한민국 제주도에서 제 6회 학술대회를 성황리에 치뤘습니..

작물병명영명일본명학명원인 미생물위키 사이트가지흰가루병Powdery mildewうどんこ病Erysiphe cichoracearum곰팡이https://en.wikipedia.org/wiki/Erysiphe_cichoracearum가지시들음병Fusarium wilt半枯病Fusarium oxysporum곰팡이https://en.wikipedia.org/wiki/Fusarium_oxysporum가지버티실리움시들음병 Verticillium wilt半身萎凋病Ver..

출처: https://kr.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/24497-rgb-triple-of-color-name--version-2 cvit 사용시 색깔 이름을 쓸 수 있음.